Годом открытия школы является 1902 год, когда из села Юганское в Вату перевезли одноклассную церковно-приходскую школу. Заведующим школой был священник Богоявленского храма Артемий Анисимович Шевелёв.
Из Всесоюзной переписи от 19 декабря 1927 года следует, что в Ватинской школе продолжительность полного курса обучения составляет 3 года. Ученики занимались в одну смену, обучение велось на русском языке. Школа находилась в частном домике, не было столов, стульев, ученики сидели прямо на полу, писали древесным углем, сажей на доске, берёзовой коре.
26 ноября 2011 года состоялось открытие культурно-образовательного комплекса, в состав которого входит школа, краеведческий музей и дошкольная разновозрастная группа общеразвивающей направленности.
В красивом двухэтажном здании школы имеются учебные кабинеты, оснащённые современным оборудованием, столовая, библиотека с читальным залом, медицинский кабинет, спортивный зал, учебная мастерская, актовый зал, кабинет информатики, лингафонный кабинет английского языка.