Годом открытия школы является 1902 год, когда из села Юганское в Вату перевезли одноклассную церковно-приходскую школу. Заведующим школой был священник Богоявленского храма Артемий Анисимович Шевелёв.
Из Всесоюзной переписи от 19 декабря 1927 года следует, что в Ватинской школе продолжительность полного курса обучения составляет 3 года.
После войны в школе училось более сорока учеников. Люди семьями стали переселяться в Вату из близлежайших деревень. В 1961 году здание школы перевозится из села Погорельское. В 1971 школа становится восьмилетней.
В 1980 году построено новое здание школы в деревянном исполнении.
В 1995 году Ватинская школа приобретает статус средней школы, в ней учится 98 человек.
26 ноября 2011 года состоялось открытие культурно-образовательного комплекса, в состав которого входит школа, краеведческий музей и дошкольная разновозрастная группа общеразвивающей направленности.
